L-39C představuje základní cvičnou verzi Albatrosu, určenou pro komplexní vojenský výcvik pilotů. Sériová výroba byla zahájena v roce 1971 a první stroje této verze začalo československé vojenské letectvo přebírat v roce 1974. Albatros se následně na dlouhá desetiletí stal neodmyslitelnou součástí výcviku československých vojenských pilotů. Poslední let L-39C absolvovali pilot a instruktor Ján Hromník a ředitel Centra leteckého výcviku (CLV), které spadá pod státní podnik LOM Praha, Jaroslav Špaček. Po přistání na vojenském letišti ve Kbelích Hromník oznámil Protivovi provedení posledního letu a ukončení provozu výcvikové flotily. Za dobu provozu letouny Albatros absolvovaly zhruba 33.000 letů a nalétaly necelých 24.000 hodin. Vycvičilo se na nich přibližně 200 pilotů českých vzdušných sil a tři desítky zahraničních pilotů. Novinářům na slavnostní rozloučení to dnes řekl mluvčí státního podniku LOM Praha Pavel Lang. Důvodem ukončení provozu je podle Langa modernizace letecké techniky Centra leteckého výcviku. Dvoumístná kabina je uspořádána tandemově, přičemž zadní sedadlo instruktora je vyvýšené a poskytuje mu velmi dobrý výhled a přehled o průběhu letu. Letoun je možné plnohodnotně pilotovat z obou míst a instruktor může ze zadní kabiny převzít řízení. Pro výcvikové úlohy je L-39C vybaven dvěma podkřídlovými závěsnými body s nosností 125 kg. Po vzniku samostatné České republiky v roce 1993 převzala Armáda České republiky 17 z tehdejších 25 letounů L-39C. Albatrosy pokračovaly ve výcviku českých vojenských pilotů a část z nich následně prošla modernizací. Poslední čtyři letouny L-39C byly z vojenského provozu vyřazeny v roce 2019.