Ve třetím kole platí, že výhodu domácího prostředí má vždy celek z nižší soutěže. Slavia v minulé sezoně MOL Cupu vypadla ve čtvrtfinále s Jabloncem, pozdějším finalistou. Tentokrát ji jako první čeká cesta na sever Čech do Varnsdorfu, který dosud vyřadil Brandýs nad Labem a Ústí nad Labem pokaždé na penalty. MOL Cup – los 3. kola Varnsdorf - Slavia Praha, Neratovice-Byškovice - Slovácko, Králův Dvůr - Zbrojovka Brno, Havířov - Zlín, Vsetín - Bohemians Praha 1905, Kozlovice - Pardubice, Vítkovice - Artis Brno, Příbram - Hradec Králové, Kladno - Baník Ostrava, Táborsko - Teplice, Třinec - Mladá Boleslav, Vlašim - Liberec, Viktoria Žižkov - Sparta Praha, Dukla Praha - Jablonec, Prostějov - Sigma Olomouc, Jihlava - Viktoria Plzeň Spartu, která naposledy rovněž skončila ve čtvrtfinále po penaltách s Mladou Boleslaví, čeká v úvodním pohárovém snažení pikantní pražský střet s nedalekým Žižkovem. Právě na stadionu jejího soupeře ještě minulou sezonu nastupovala sparťanská rezerva. Se Žižkovem se sparťané utkali v soutěžním zápase naposledy před čtrnácti lety, kdy postoupili do osmifinále domácího poháru až na penalty po úvodní remíze 1:1. Překvapením dosavadního ročníku jsou Kozlovice ze čtvrté ligy, kde padl obhájce trofeje z Karviné. Teď tam zavítají prvoligové Pardubice. Z MOL Cupu zatím nevypadl ani jeden tým z nejvyšší soutěže, 2. kolo zvládlo všech deset prvoligových zástupců. Soutěž už ale opustil obhájce trofeje Karviná. Slezané, kteří na jaře ve finále porazili Jablonec, byli po sezoně kvůli účasti v korupční kauze přeřazeni do druhé ligy. Zároveň přišli o start v evropských pohárech. Stejně jako sparťané narazí na druholigový celek také Plzeň, kterou čeká duel v Jihlavě. Papírově nejtěžší soupeř připadl finalistovi minulého ročníku Jablonci: Severočeši budou hrát v Praze na Julisce proti Dukle, která na jaře sestoupila z nejvyšší soutěže. Druholigoví soupeři čekají také Baník Ostrava v zápase na půdě Kladna, Hradec Králové v Příbrami, Teplice na stadionu Táborska, Liberec ve Vlašimi, Mladou Boleslav v Třinci a Olomouc v Prostějově. S týmem ze třetí nejvyšší soutěže se vedle Slavie utkají i Slovácko, Bohemians, Zlín a oba brněnští prvoligoví nováčci Zbrojovka s Artisem. Úředním hracím termínem je středa 16. září. Pro Spartu a Plzeň, účastníky hlavní fáze Evropské ligy, pak středa o týden dříve.